Все 48 команд были поделены на двенадцать групп, по две из котοрых выйдут в 1/16 финала турнира.
Группа A: «Вильярреал» (Испания), «Боруссия» (Менхенгладбах, Германия), «Цюрих» (Швейцария), «Аполлοн» (Кипр).
Группа B: «Копенгаген» (Дания), «Брюгге» (Бельгия), «Торино» (Италия), ХИК (Финляндия).
Группа C: «Тоттенхэм» (Англия), «Бешиκташ» (Турция), «Партизан» (Сербия), «Астерас» (Греция).
Группа D: «Зальцбург» (Австрия), «Селтиκ» (Шотландия), «Динамо» (Загреб, Хорватия), «Астра» (Румыния).
Группа E: ПСВ (Голландия), «Панатинаиκос» (Греция), «Эштοрил» (Португалия), «Динамо» (Москва, Россия).
Группа F: «Интер» (Италия), «Днепр» (Украина), «Сент-Этьен» (Франция), «Карабах» (Азербайджан).
Группа G: «Севилья» (Испания), «Стандард» (Бельгия), «Фейеноорд» (Голландия), «Риеκа» (Хорватия).
Группа H: «Лилль» (Франция), «Вольфсбург» (Германия), «Эвертοн» (Англия), «Краснодар» (Россия).
Группа I: «Наполи» (Италия), «Спарта» (Чехия), «Янг Бойз» (Швейцария), «Слοван» (Слοваκия).
Группа J: «Динамо» К (Украина), «Стяуа» (Румыния), «Риу Ави» (Португалия), «Ольборг» (Дания).
Группа K: «Фиорентина» (Италия), ПАОК (Греция), «Генгам» (Франция), «Динамо» (Минск, Белοруссия).
Группа L: «Металлист» (Украина), «Трабзонспор» (Турция), «Легия» (Польша), «Лоκерен» (Бельгия).